En el marco del proyecto IT/17/01 “Uso de microorganismos como herramienta biotecnológica para favorecer la sustentabilidad de ecosistemas agro-alimentarios”, investigadoras del INTA Famaillá realizan misiones en la Universitá Cattolica del Sacro Cuore de Cremona, Italia, para avanzar con sus tesis doctorales.
El proyecto, bajo la dirección de la Dra. Cecilia Fontana (INTA Famaillá) por Argentina y el Dr. Pier Sandro Cocconcelli por Italia, fue presentado en el VII Programa Ejecutivo de Cooperación Científica y Tecnológica para los años 2017-2019 entre el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de la República Argentina (MINCYT) y el Ministerio de Asuntos Exteriores y Cooperación Internacional (MAECI); y aprobado en la Reunión de la Comisión Mixta Ítalo-Argentina el 20 de abril de este año.
La propuesta es crear una red entre los laboratorios de ambos países a fin de utilizar las nuevas plataformas tecnológicas para el análisis genético de «alto rendimiento» (en inglés HTS high throughput sequencing) en el estudio de la estructura microbiana en los siguientes ecosistemas complejos: Alimentos fermentados tradicionales, muestras de suelo y hojas en el patosistema caña de azúcar/Acidovorax avenae, análisis molecular en microorganismo de interés agroalimentario.
Una parte del trabajo incluye aislar los microorganismos presentes y tipificarlos. En el primer caso se aplicarán técnicas de tipificación como: Random Amplified Polymorphic ADN (RAPD), análisis de ADN polimórfico amplificado al azar y rep-PCR basada en la presencia de secuencias altamente conservadas y repetidas en el genoma bacteriano.
Además, se plantea realizar un estudio de Genómica de microorganismos de importancia en ecosistemas agroalimentarios. Esta fase de la investigación prevé determinar la secuencia completa del genoma mediante el uso de la Plataforma Ilumina (Illumina MiSeq sequencing system) de 2 cepas de Azospirillum brasilense, bacterias promotoras del crecimiento vegetal, potenciales herramientas de biocontrol. También está previsto el secuenciamiento del genoma completo de una cepa de Lactobacillus sakei aislada de alimentos fermentados andinos.
Una tercera fase será el análisis de la estructura y composición de ecosistemas complejos mediante el uso de técnicas moleculares independientes de cultivo. El primer paso será la extracción y purificación del ADN total de las muestras. Posteriormente, se amplificaran ciertas regiones del gen ribosomal 16S mediante PCR. Los análisis de la secuencia directa de estos amplificados se conoce como METAGENOMICA del gen ribosomal 16S, permitiendo identificar cuáles son los microorganismos conocidos más cercanos a los miembros de la comunidad mediante comparación de las secuencias obtenidas con las bases de datos como RDP (Ribosomal Database Project) o Genbank. Por otro lado, se obtendrán las huellas digitales o “fingerprinting” que constituirán un patrón o perfil de la diversidad genética de una comunidad microbiana mediante la separación electroforética de los fragmentos de ADNr 16S amplificados (DGGE/TGGE).
En el 2017 comenzaron las primeras misiones, financiadas por MINCyT y MAECI, con la Lic. Lucía Tóffoli (Becaria INTA Famaillá) por Argentina y Serena Galletti (Becaria del Instituto di Microbiologia de la Universitá Cattolica del Sacro Cuore) por Italia.
La Lic. Tóffoli ya se encuentra en la Universitá Cattolica del Sacro Cuore de Cremona de Italia, donde realizará una estadía de 30 días para avanzar en estudios relacionados a su trabajo de tesis doctoral que desarrolla en la Universidad Nacional de Tucumán.
El resto de las misiones por Argentina se completará durante 2018 y 2019, con el viaje de la Ing. Agr. Paola Fontana (INTA Famaillá), Stefania Maidana (Becaria CONICET-CERELA) y la Lic. Valentina Di Pauli (Becaria INTA).
El proyecto, además, está integrado por la Dra. Graciela Vignolo (CERELA-CONICET) y el Dr. Sergio M. Salazar (EEA Famaillá/FAZ-UNT) como investigadores.
